L'Archipel Crozet appartient à la province phytogéographique de Kerguelen qui comprend également les Iles Marion et Heard. La flore vasculaire de l'Ile de la Possession est relativement pauvre et comprend 24 espèces autochtones dont 2 lycopodes et 4 fougères. Parmi les 18 spermaphytes, 15 sont considérées comme typiques des îles de haute latitude sud.

Apiacées	Azorella selago
Astéracées	Cotula plumosa
Brassicacées	Pringlea antiscorbutica (Chou de Kerguelen) -- Endémique
Callitrichacées	Callitriche palustris
Caryophyllacées	Colobanthus kerguelensis -- Endémique
Crassulacées	Crassula moschata
Cypéracées	Uncinia compacta
Joncacées	Juncus scheuchzerioides
	Juncus pusillus
Poacées	Agrostis magellanica
	Deschampsia antarctica
	Poa cookii -- Endémique
Portulacacées	Montia fontana
Renonculacées	Ranunculus biternatus
	Ranunculus moseleyi -- Endémique
Rosacées	Acaena magellanica
Rubiacées	Galium antarcticum
Scrophulariacées	Limosella australis

Face à ce très faible nombre d'espèces vasculaires autochtones, les mousses et lichens sont les véritables maîtres des lieux. On en compte plusieurs centaines. L'île ne possède aucun arbre ou arbuste si ce n'est un pommier dans la serre de la base.
Parmi toutes ces plantes, le Chou de Kerguelen est sûrement le plus connu dans les îles subantarctiques. Il a en effet sauvé plusieurs naufragés du scorbut.

La végétation est bien présente sur toute la côte jusqu'à 150 mètres d'altitude. Le long des pentes, on trouve des landes à Blechnum associé à l'Acaena et au Chou de Kerguelen.
Dans les vallées, les zones marécageuses sont couvertes de mousses très fragiles.
A partir de 150 mètres d'altitude, l'action du vent et de certains caractères pédologiques (déficience en azote, instabilité du sol...) interdisent le développement de la plupart des plantes vasculaires. Le tapis herbacé fait alors place à un paysage rocailleux ouvert où l'on peut trouver quelques touffes d'Agrostis magellanica et des coussinets d'Azorelle. On peut retrouver des individus jusqu'à plus de 700 mètres d'altitude. Au-dessus, seuls subsistent des mousses et des lichens.

Sur la Base Alfred Faure, la végétation est bien différente. Depuis l'établissement de la base, le nombre d'espèces végétales introduites n'a cessé d'augmenter. On en dénombre actuellement une soixantaine mais seulement 10 espèces arrivent à coloniser l'extérieur de la base :
Deux céraistes (Cerastium fontanum et C. glomeratum), un petit jonc (Juncus bufonius), deux graminées (Poa annua et P. pratensis), la petite oseille (Rumex acetosella) et une petite caryophyllacée (Sagina procumbens) ont largement envahi toute l'île.
Des pissenlits (Taraxacum erythrospermum et T. officinale) et une stellaire (Stellaria alsine) sont encore retreints à un petit périmètre aux abords de la base.

Stellaire
La stellaire est la plus "agressive" des plantes introduites. Elle forme des taches monospécifiques excluant les plantes autochtones.
Les autres plantes introduites présentent moins de risques pour la flore autochtone car elles doivent avant tout survivre aux conditions climatiques. Toutefois, un réchauffement de quelques degrés permettrait à ces plantes de boucler leur cycle de reproduction et de produire une plus grande quantité de graines. Leur pouvoir de dissémination serait alors plus important et pourrait devenir problématique.